Lungo il margine meridionale del Gargano, a circa nove chilometri a sud-ovest dal centro abitato di Monte Sant'Angelo, si trova l'abbazia di Santa Maria di Pulsano, proprio sul ciglio di uno dei tanti speroni rocciosi che guardia verso il l golfo di Manfredonia. Esistono diverse interpretazioni sull’origine dell’Abbazia. Secondo alcuni fu edificata nel luogo in cui sorgeva uno dei templi pagani del Gargano, quello dedicato al medico Podalirio, legato al culto delle acque salutari.

Secondo altri la collina di Pulsano fu invece occupata dal condottiero cartaginese Annibale il quale vi fece costruire una torre di avvistamento subito dopo lo scontro di Canne del 216 a.C.

Alla fine del VI sec. d.C. la comunità degli Equizi edificò nel medesimo luogo un monastero, che passo agli inizi del X sec sotto la gestione dei monaci clunyacensi, i quali riuscirono a resistere per pochi anni alle continue incursioni saracene che nel 952 d.C. giunsero fino al santuario di S. Michele a Monte S. Angelo.

Le notizie sulla badia si fanno più sicure a partire dal XII sec., epoca della costruzione da parte di S. Giovanni da Matera della Nel 1129 San Giovanni Salcione da Matera, dopo molti pellegrinaggi stabilì la sua sede nell'antico e abbandonato monastero di S. Gregorio a Pulsano ribattezzandolo "Santa Maria di Pulsano", e lo ricostruì fondando la Congregazione benedettina degli Eremiti Pulsanesi. Prendendo ad esempio Giovanni Salcione da Matera, e soprattutto gli insegnamenti dottrinali dell’ordine religioso dei monaci pulsanesi, che vivevano conciliando uno spirito ascetico – contemplativo con un carattere operoso, altri monaci contribuirono a rendere l’abbazia un luogo spirituale e mistico almeno fino all’inizio del XIV secolo quando incominciarono ad incrinarsi i rapporti fra la Casa Madre e i monasteri dipendenti, giungendo che si concluse con la separazione definitiva. La parte più importante del complesso monastico è costituita dalla chiesa in stile romanico, ricavata in parte da una grotta naturale che funge da abside. Costituita da una sola navata con volta a botte scandita da grandi archi trasversali su semipilastri vicini alle pareti, la Chiesa ha un bellissimo portale, a forma ovale, finemente decorato con rilievi zoomorfi ed antichi blasoni che presenta molte similitudini con il portale laterale dell'abbazia di San Leonardo di Siponto.

Alcuni frammenti scultorei che hanno abbellito nei secoli l’Abbazia, sono conservati nel museo della Basilica di San Michele a Monte Sant'Angelo, e sono considerati opera degli stessi artefici attivi a Siponto, maestri foggiani che nella II metà del XII secolo, hanno operato sia in Capitanata che in Abruzzo. La chiesa abbaziale fu dedicata alla Beate Vergine Maria Madre di Dio e l'altare consacrato dopo i lavori, promossi dall'abate Gioele, il 30 Gennaio del 1177, da Papa Alessandro III.

Da pochi anni, una piccola comunità di monaci si è stabilita a Santa Maria di Pulsano e lavora per riportare l'abbazia all'antico splendore, seguendo gli insegnamenti del fondatore dell'ordine pulsanese, San Giovanni da Matera.