L’Abbazia dedicata a San Gaudenzio, costruita nel 1028 per volere del vescovo di Fiesole, Jacopo il Bavaro, è sicuramente il cuore pulsante del paese. Nel 1070 per volere del vescovo Trasmondo, promotore dei nuovi lavori di abbellimento e ristrutturazione, la nuova chiesa consacrata fu affidata ai monaci Benedettini, che se ne presero cura trasformando l’abbazia in un luogo di incontro culturale oltre che religioso. Nel 1302 infatti, nell’Abbazia si tenne un convegno rimasto celebre e ricordato anche nelle Storie della letteratura italiana: il convegno degli esuli fiorentini Ghibellini e dei Guelfi Bianchi. Nell’incontro, organizzato ai fini di trovare un accordo con gli Ubaldini per poter rientrare a Firenze, (dominata in quel tempo dai Guelfi Neri)., tra le varie personalità spiccava quella di Dante Alighieri. Purtroppo l’accordo non venne raggiunto e seguirono a quell’evento terribili scontri tra Bianchi e Neri, con la sconfitta dei primi, e la conseguente decisione di Dante, di staccarsi dai compagni fiorentini, definiti come membri di una "compagnia malvagia e scempia". Negli anni seguenti la presenza benedettina si assottigliò e l’Abbazia subì un lento declino. Nel 1482 venne inglobata dalla SS. Annunziata di Firenze e si formò una comunità religiosa di Serviti a capo della quale stava un priore. I Serviti rimasero a San Godenzo fino al 1808 quando l’ordine venne soppresso dai francesi. Oggi la chiesa, è sotto il vescovato fiesolano.

L’Abbazia rappresenta uno dei più importanti esempi di architettura romanica in Toscana. All’esterno la facciata, si presenta in pietra liscia, preceduta da uno scalone. L’interno è invece solennemente vasto: tre navate con pilastri quadrangolari e un presbiterio sopraelevato, e tre absidi. Nel corso della storia modifiche e restauri si sono alternati e così l’Abbazia ha modificato spesso la propria architettura, lasciando comunque intatta l’atmosfera di antica sacralità e di limpidezza geometrica, in cui gli artisti e i religiosi del passato avevano vistoli luogo di passaggio per poter far arrivare la mente umana fino a Dio. Un primo importante restauro venne cominciato nel 1907: il lavoro riguardò sia la facciata che l’interno e riportò l’Abbazia allo splendore.

Un ulteriore restauro vi fu nel 1947, dopo la seconda guerra mondiale che distrusse tutto San Godenzo lasciando in piedi solo l’Abbazia, anche se molto danneggiata. Pochi anni fa infine, nel 1998, con l’ultimo restauro si è provveduto al consolidamento statico delle strutture portanti, al rifacimento totale del tetto con recupero delle sette capriate lignee, oltre al recupero dei muri e dell’abside. Molte e preziose sono anche le opere conservate in questa chiesa. Innanzitutto la scultura lignea di San Sebastiano di Baccio da Montelupo, restaurata e tornata nell’Abbazia nel 1989, dopo nove anni di lontananza; segue poi un polittico di Bernardo Daddi del 1333 che ripropone la consueta impostazione di molti altri polittici: la Madonna al centro con il Figlio in braccio che le accarezza il mento; ai lati San Benedetto, San Giovanni Battista, San Niccolò e San Giovanni Evangelista. Tra i dipinti presenti ricordiamo una Vergine annunziata della scuola di Andrea del Sarto (secolo XVI), una Madonna con Bambino e Santi di anonimo (secolo XVI), un S. Antonio Abate e un S. Francesco che riceve le stimmate di ignoti (secolo XVI) e un S. Luigi sempre di anonimo (secolo XVI). Di notevole interesse anche il pulpito del secolo XV. Nonostante la millenaria storia e soprattutto nel corso del Novecento che l’Abbazia è stata arricchita di molte opere: il grande mosaico dantesco nella calotta dell’abside, l’organo a canne, il fonte battesimale, il campanile.