Esistente già a partire dal 772, l’abbazia almeno da ciò che viene rivelato da un antico documento di permuta, venne presto assoggettata all'abbazia di San Salvatore di Brescia. All’inizio era essenzialmente un convento femminile di monache benedettine, in seguito vista la sua posizione strategica (su una scorciatoia che dalla Cassia conduceva alla Badia a Taona), divenne anche un luogo di ristoro per viandanti. Si consegna alla storia prima sotto la proprietà privata dei re longobardi, e dopo l’ 848, come possedimento della regina Irmingarda a cui già spettava l'abbazia di San Salvatore a Brescia.

Nel 901, Ludovico III passò l'abbazia alle dipendenze del vescovo di Fiesole, come atto di ringraziamento per averlo accompagnato a Roma alla sua incoronazione, ma dopo ventisei anni, fu concessa ai Conti Guidi, a cui rimase fino al 982, quando, nuovamente, venne dichiarata proprietà del vescovo di Fiesole, pur rimanendo sempre legata alla diocesi di Pistoia. Nel Cinquecento il monastero cadde in abbandono e la chiesa venne chiusa al culto. Rimase comunque ai Canonici regolari Lateranensi fino al 1778, quando, soppresso l'ordine, l'abbazia venne ceduta ai cavalieri di Santo Stefano, ordine a sua volta soppresso verso la metà dell'Ottocento. Si annoverano come ultimi titolari del priorato, la famiglia Covoni-Pandolfini, alla quale apparteneva già la vicina villa 'La Smilea', anche se in seguito, l'abbazia divenne per eredità proprietà dei Borghese.