La costruzione della basilica risale al 970 quando, alcuni monaci cluniacensi spostandosi dal monte Subasio, andarono ad abitare presso la antichissima chiesa di San Pietro, aperta verso la campagna assisiate, dove iniziarono la costruzione del Monastero di S. Pietro, tuttora esistente.

Le due comunità che si trovarono così a convivere, quella della chiesa e quella del monastero, mantenevano comunque frequenti rapporti, (poiché in entrambe le abbazie la Regola professata era quella benedettina) pur rimanendo distinte e ciascuna con un proprio abate e una propria economia. Nei primi anni del 1200, la chiesa fu ricostruita nello stile romanico-gotico cistercense, ad opera dei monaci cistercensi detti Florensi, discepoli dell'abate Gioacchino da S. Flora. La facciata fu terminata solo terminata nel 1268, ed è divisa in due parti: in quella superiore campeggiano tre rosoni; nell'inferiore, il portale principale è fiancheggiato da due lesene; sotto gli archetti pensili, la loggetta presenta un'iscrizione dedicatoria a S. Pietro.

La chiesa è internamente divisa in tre navate, con presbiterio sopraelevato e coperto da una cupola a forma conica. Sotto la cupola si trova il moderno altare della Confessione, che custodisce le reliquie di S. Vittorino, Vescovo e martire di Assisi (III secolo). Nel XIV secolo venne aperta la Cappella del Crocifisso o del Santissimo, al cui interno si trovano tre affreschi di notevole pregio di un anonimo pittore di scuola senese del XIV secolo. La chiesa abbaziale è dal 1706 di proprietà dei monaci benedettini cassinesi, che ne avevano assunto l'ufficiatura già nel 1614.

I monaci abitano un monastero annesso alla chiesa abbaziale; alcuni di essi rispettano lo stile di vita claustrale, altri, invece, hanno l'onere della chiesa abbaziale, ossia hanno ricevuto dal Vescovo il compito di occuparsi della parrocchia e dei suoi fedeli, tuttavia, la gestione della parrocchia è adeguata al modus vivendi, semplice e profondamente interiore dei Benedettini. Devono custodire la biblioteca, ordinata e fornita di centinaia di volumi, con l'annesso archivio storico, che offre la possibilità di conoscere la storia locale e del monastero; la falegnameria ora non in funzione, che per molto tempo è stata prezioso laboratorio in cui i monaci non solo lavoravano, ma insegnavano anche ai popolani a lavorare il legno; i saloni, spaziosi e atti ad accogliere persone devote per incontri spirituali.

I monaci sono votati alla vita dei campi, allo studio e alla preghiera, secondo la Regola dell' "ora et labora", ma sono anche impegnati nella vita comunitaria. Nel 1860, a seguito del Decreto Pepoli,  i monasteri vennero privati  dei propri beni, ma l'Abbazia di S. Pietro non subì la stessa sorte, perché il monastero venne riconosciuto di pubblica utilità per la gestione della parrocchia. Negli anni ‘80, i Benedettini sono rientrati in possesso dei loro beni. ed oggi dispongono di una cospicua estensione terriera di circa 120 ettari, di cui 17 coltivati ad uliveto, con circa 2.500 piante da cui ricavano un olio pregiato, venduto anche al pubblico che accorre in questo luogo di meditazione e preghiera per ritrovare la propria spiritualità e staccare con lo stress quotidiano delle città.